Game ini akan memiliki gameplay yang mirip seperti game adventure Telltale yang lain seperti The Wolf Among Us, The Walking Dead, dan Tales of the Borderlands, cerita akan ditentukan oleh pilihan yang diambil oleh player saat memainkan game tersebut. Perbedaan dengan game-game tersebut tentunya dunia voxel yang dimiliki oleh Minecraft.
Mojang dan Telltale akan mengambil pendapat dari komunitas Minecraft untuk membuat game tersebut terasa seperti sebuah game "Minecraft". Akan tetapi, mereka tidak akan memberitahukan cerita atau dunia secara mendetail.
Pengumuman mengenai Minecraft: Story Mode dilakukan melalui browser-based game yang bernama Info Quest II.