Perubahan terbesar di game Atelier Rorona adalah battle system game tersebut. Dimulai dengan symbol encounter system yang secara mulus berpindah ke grid-based battle area setelah menyentuh suatu monster.
Terdapat screenshot yang menunjukkan battle, di mana party yang terdiri atas Astrid dan Sterk. Cerita untuk bagian ini akan mengungkapkan peristiwa yang menyebabkan Astrid mengambil Rorona sebagai muridnya. Mirip dengan versi PlayStation 3 dan PlayStation Vita, terdapat hal-hal lain yang dapat dilakukan setelah menyelesaikan story, di mana Meruru dan Totori datang berkunjung, dan tiga alchemist tersebut berbagi petualangan.
Player dapat mengubah difficulty, game akan memiliki 11 karakter party member, dan costume-costume yang dapat memberikan karakter-karakter tampilan berbeda dalam bentuk chibi mereka.
Atelier Rorona dijadwalkan untuk dirilis di Jepang pada tanggal 26 Maret 2015 untuk Nintendo 3DS.