Ia juga mundur dari dewan Mozilla Foundation, organisasi nirlaba yang memiliki organisasi for-profit Mozilla Corporation.
Brendan Eich selaku co-founder dari Mozilla, juga merupakan pembuat bahasa scripting JavaScript. Pada tahun 2008 ia menyumbangkan $1000 untuk mendukung hukum anti pernikahan sesama jenis di California.
Sebelumnya, Eich menyatakan bahwa saat ini ia yakin bahwa ia adalah orang terbaik untuk menjabat sebagai CEO Mozilla meski dengan adanya kontroversi ini. Akan tetapi ada tekanan yang datang dari diskusi para pegawai, developer, dan anggota komunitas Mozilla.
Pada akhirnya, perusahaan ini setuju dengan pendapat pemrotes. "Sangat jelas bahwa Brendan tidak dapat memimpin Mozilla dalam keadaan seperti ini," dikatakan Mitchell Baker. Kemampuan untuk memimpin sebagai CEO merupakan peran yang sangat diperlukan. Perusahaan tersebut belum memutuskan siapa yang akan menjabat sebagai CEO.
Brendan Eich pun akhirya mengakui pengunduran dirinya di blog miliknya. Eich juga mengucapkan terima kasih pada rekan-rekan kerjanya di Mozilla yang telah mendukungnya selama bertahun-tahun ia bekerja di Mozilla.